Отборите от школата на „Берое“ отпаднаха от надпреварата в турнира за Купата на БФС в четвъртфиналата фаза.
„Берое“ 2003 спечели реванша срещу „Септември“ (София) с 0:1 като гост, но напуска турнира с общ резултат 2:1 в полза на „столичани“.
„Берое“ 2005 загуби с 4:0 гостуването си на „Левски“ и също отпада от турнира с общ резултат 4:1 за „сините“.
При най-малките „Берое“ 2007 завърши 1:1 в гостуването на ЦСКА-София, но общият резултат е в полза на „червените“ – 3:2.